Lihat sumber Protein Data Bank

'''Protein Data Bank''' ('''PDB''') adalah suatu [[basis data]] bagi data struktur [[tiga dimensi]] dari molekul biologis berukuran besar, seperti [[protein]] dan [[asam nukleat]]. Data tersebut, biasanya diperoleh dari [[kristalografi sinar-X]], [[Resonansi magnet inti|spektroskopi NMR]], atau, yang terbaru melalui [[mikroskopi elektron kriogenik]], kemudian diunggah oleh para ahli [[biologi]] dan [[biokimia]]wan dari seluruh dunia, dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya (PDBe, PDBj, dan RCSB). PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan [[Worldwide Protein Data Bank]], wwPDB.

PDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang [[biologi struktur]], seperti [[genomika struktur]]. Sebagian besar jurnal ilmiah utama, dan beberapa agensi pendanaan, saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur hasil penelitian mereka pada PDB. Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein yang tersimpan di PDB. Misalnya, [[Structural Classification of Proteins database|SCOP]] dan [[CATH]] mengelompokkan struktur protein, sementara [[PDBsum]] menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari sumber lain, seperti [[ontologi gen]].

== Konten ==

Basis data PDB diperbaharui setiap minggunya (Rabu [[Waktu Universal Terkoordinasi|UTC]]+0). Demikian pula, daftar kepemilikan PDB juga diperbaharui setiap minggu. , rincian kepemilikan saat ini adalah sebagai berikut:

::120.052 struktur dalam PDB memiliki berkas [[faktor struktur]].
::9.734 struktur memiliki berkas pembatas NMR.
::3.486 struktur dalam PDB memiliki berkas [[pergeseran kimia]].
::2.531 struktur dalam PDB memiliki berkas pemetaan [[3DEM]] yang tersimpan dalam [[EM Data Bank]]

Signifikansi berkas faktor struktur, yang disebutkan di atas, adalah bahwa, untuk struktur PDB yang ditentukan oleh difraksi sinar-X yang memiliki berkas struktur, pemetaan [[kerapatan elektron]] dapat dilihat. Data struktur tersebut disimpan di "server kerapatan elektron".

Di masa lalu, jumlah struktur dalam PDB telah tumbuh pada tingkat yang kira-kira eksponensial, melewati 100 struktur yang terdaftar pada tahun 1982, 1.000 pada tahun 1993, 10.000 pada tahun 1999, dan 100.000 pada tahun 2014. Namun, sejak 2007, tingkat akumulasi struktur protein baru tampaknya tidak menunjukkan peningkatan yang signifikan.

== Format berkas ==

Format berkas yang digunakan oleh PDB pada mulanya adalah [[Protein Data Bank (format berkas)|format berkas PDB]]. Format berkas awal ini dibatasi oleh lebar dibatasi oleh lebar kartu punch komputer hingga 80 karakter per baris. Sekitar tahun 1996, format "Berkas Informasi Kristalografi makromolekul", mmCIF, () yang merupakan perpanjangan dari [[Berkas Informasi Kristalografi|format CIF]] mulai digunakan secara bertahap. Format berkas mmCIF saat ini digunakan sebagai format utama untuk arsip PDB. Versi XML dari format ini, yang dikenal sebagai PDBML, diperkenalkan pada tahun 2005.

Berkas struktur ini dapat diunduh dalam satu di antara ketiga format tadi. Lebih lanjut, berkas individualnya dapat secara mudah diunduh dalam paket grafis melalui situs web:
* Untuk format berkas PDB, dapat diakses dari <code><nowiki>http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz</nowiki></code> atau <code><nowiki>http://pdbe.org/download/4hhb</nowiki></code>
* Untuk berkas PDBML (XML), dapat diakses dari <code><nowiki>http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz</nowiki></code> atau <code><nowiki>http://pdbe.org/pdbml/4hhb</nowiki></code>
"<code>4hhb</code>" merupakan kode pengenal PDB. Setiap struktur yang diterbitkan oleh PDB mendapatkan kode pengenal alfanumerik empat-karakter, disebut sebagai PDB ID. (Pengenal ini tidak dapat digunakan sebagai pengenal biomolekul, karena terkadang beberapa struktur dengan molekul yang sama—dalam lingkungan atau konformasi yang berbeda—dimasukkan dalam PDB dengan PDB ID yang berbeda.)

== Lihat pula ==
* [[Basis data kristalografi]]
* [[Struktur protein]]
* [[Prediksi struktur protein]]
* [[Basis data struktur protein]]
* [[PDBREPORT]] mendaftar seluruh anomali (dan kesalahan) dalam struktur PDB
* [[PDBsum]] — mengekstrak data struktur PDB dari basis data lain
* [[Proteopedia]] — suatu ensiklopedia 3D kolaboratif mengenai protein dan molekul lain

== Referensi ==


== Pranala luar ==

* [http://www.wwpdb.org/ The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)] — situs induk host regional (di bawah)
** [http://www.rcsb.org RCSB Protein Data Bank] (USA)
** [http://www.pdbe.org/ PDBe] (Eropa)
** [http://www.pdbj.org/ PDBj] (Jepang)
** [http://www.bmrb.wisc.edu/ BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank] (USA)
* [http://www.wwpdb.org/docs.html wwPDB Documentation] — dokumentasi baik format berkas PDB maupun PDBML
* [http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/Looking-at-Structures/intro.html Looking at Structures]  — Pendahuluan kristalografi dari RCSB
* [http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/ PDBsum Home Page] — Data ekstrak struktur PDB dari basis data lain
* [http://ndbserver.rutgers.edu/index.html Nucleic Acid Database, NDB] — situs ''mirror'' PDB khususnya untuk pencarian data asam nukleat
* [http://www.openhelix.com/pdb Pengenalan tutorial PDB yang disponsori oleh PDB]
* [http://www.ebi.ac.uk/training/online/course/pdbe-quick-tour PDBe: Quick Tour di EBI Train OnLine]



== Sumber dan atribusi ==

Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein+Data+Bank&oldid=29578621 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 29578621 (2026-08-14T19:45:18Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.