Maintenance script: Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

2026-08-28T09:00:19Z

Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

← Revisi sebelumnya		Revisi per 28 Agustus 2026 09.00
Baris 1:		Baris 1:
	'''DNA ligase''' merupakan [[enzim]] yang mengkatalisis pembentukan [[ikatan fosfodiester]] antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada [[DNA]] yang mengalami ''nick''. ''Nick'' pada DNA dapat terjadi pada saat [[replikasi]] [[DNA]], rekombinasi dan kerusakan. Secara biologis, DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan [[fragmen Okazaki]] saat proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam proses reparasi DNA. Oleh karena pentingnya peranan DNA ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat antibakterial yang menginhibisi DNA ligase. Dengan diinhibisinya DNA ligase, diharapkan [[kromosom]] menjadi terdegradasi dan [[sel]] akan mati.		'''DNA ligase''' merupakan [[enzim]] yang mengkatalisis pembentukan [[ikatan fosfodiester]] antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada [[DNA]] yang mengalami ''nick''.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> ''Nick'' pada DNA dapat terjadi pada saat [[replikasi]] [[DNA]], rekombinasi dan kerusakan.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> Secara biologis, DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan [[fragmen Okazaki]] saat proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam proses reparasi DNA.<ref>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/teach/repl/ligase.html</ref> Oleh karena pentingnya peranan DNA ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat antibakterial yang menginhibisi DNA ligase.<ref>Miesel L, Kravec CV, Ma S, McMonagle P, Palermo R. 2002. A High Throughput Assay of Bacterial DNA Ligase for Antibacterial Drug Discovery. Abstr Intersci Conf Antimicrob Agents Chemother Intersci Conf Antimicrob Agents Chemother 42: 27-30.</ref> Dengan diinhibisinya DNA ligase, diharapkan [[kromosom]] menjadi terdegradasi dan [[sel]] akan mati.<ref>Miesel L, Kravec CV, Ma S, McMonagle P, Palermo R. 2002. A High Throughput Assay of Bacterial DNA Ligase for Antibacterial Drug Discovery. Abstr Intersci Conf Antimicrob Agents Chemother Intersci Conf Antimicrob Agents Chemother 42: 27-30.</ref>
	DNA ligase merupakan enzim yang sangat berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel. Untuk penggunaan di luar sel, penggabungan dengan [[enzim restriksi]] telah membuat terobosan baru di bidang teknologi DNA rekombinan. Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik. Kemudian DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.		DNA ligase merupakan enzim yang sangat berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel.<ref>Goodsell DS. 2004. DNA ligase. [terhubung berkala]. http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb55_1.html [2 Apr 2010].</ref> Untuk penggunaan di luar sel, penggabungan dengan [[enzim restriksi]] telah membuat terobosan baru di bidang teknologi DNA rekombinan.<ref>Goodsell DS. 2004. DNA ligase. [terhubung berkala]. http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb55_1.html [2 Apr 2010].</ref> Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik.<ref>Goodsell DS. 2004. DNA ligase. [terhubung berkala]. http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb55_1.html [2 Apr 2010].</ref> Kemudian DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.<ref>Goodsell DS. 2004. DNA ligase. [terhubung berkala]. http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb55_1.html [2 Apr 2010].</ref>

	== Jenis-Jenis DNA Ligase ==		== Jenis-Jenis DNA Ligase ==
	DNA ligase dapat digolongkan menjadi 2 jenis berdasarkan kofaktor yang diperlukan, yaitu [[NAD]]<sup>+</sup> atau [[ATP]]. DNA ligase NAD<sup>+</sup>-''dependent'' ditemukan hanya di bakteri. Sementara itu, DNA ligase ATP-''dependent'' ditemukan di [[bakteriofage]], ''[[eubacteria]]'', ''[[archaea]]'', dan [[virus]]. Walaupun kedua jenis enzim ini memerlukan kofaktor yang berbeda, keduanya memiliki mekanisme katalitik yang sama. DNA ligase ATP-''dependent'' yang umum adalah T4 DNA ligase dan T7 DNA ligase.		DNA ligase dapat digolongkan menjadi 2 jenis berdasarkan kofaktor yang diperlukan, yaitu [[NAD]]<sup>+</sup> atau [[ATP]].<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> DNA ligase NAD<sup>+</sup>-''dependent'' ditemukan hanya di bakteri.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> Sementara itu, DNA ligase ATP-''dependent'' ditemukan di [[bakteriofage]], ''[[eubacteria]]'', ''[[archaea]]'', dan [[virus]].<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> Walaupun kedua jenis enzim ini memerlukan kofaktor yang berbeda, keduanya memiliki mekanisme katalitik yang sama.<ref>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/teach/repl/ligase.html</ref> DNA ligase ATP-''dependent'' yang umum adalah T4 DNA ligase dan T7 DNA ligase.<ref>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/teach/repl/ligase.html</ref>

	=== T4 DNA Ligase ===		=== T4 DNA Ligase ===
	T4 DNA ligase berasal dari T4 bakteriofage. Enzim ini akan meligasi fragmen DNA yang menggantung, memiliki [[ujung kohesif]] maupun [[ujung tumpul]]. Untuk meligasi fragmen DNA yang memiliki ujung tumpul, diperlukan konsentrasi enzim yang lebih besar. Proses ligasi DNA T4 memerlukan [[larutan penyangga]] yang mengandung ATP dengan konsentrasi 0.25-1 mM. Proses ini dapat berlangsung pada kisaran suhu yang luas, tetapi untuk beberapa kasus, proses ligasi dilakukan pada suhu tertentu. Seperti pada saat menginginkan efisiensi yang tinggi dalam ligasi (contohnya membuat [[pustaka genom]]) suhu yang disarankan adalah 16 °C. Sementara itu, jika ligasi bertujuan untuk ''subcloning'', ligasi dapat dilakukan pada suhu 4 °C semalaman, atau pada suhu ruang selama 30 menit hingga beberapa jam.		T4 DNA ligase berasal dari T4 bakteriofage.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Enzim ini akan meligasi fragmen DNA yang menggantung, memiliki [[ujung kohesif]] maupun [[ujung tumpul]].<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Untuk meligasi fragmen DNA yang memiliki ujung tumpul, diperlukan konsentrasi enzim yang lebih besar.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Proses ligasi DNA T4 memerlukan [[larutan penyangga]] yang mengandung ATP dengan konsentrasi 0.25-1 mM.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Proses ini dapat berlangsung pada kisaran suhu yang luas, tetapi untuk beberapa kasus, proses ligasi dilakukan pada suhu tertentu.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Seperti pada saat menginginkan efisiensi yang tinggi dalam ligasi (contohnya membuat [[pustaka genom]]) suhu yang disarankan adalah 16 °C.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref> Sementara itu, jika ligasi bertujuan untuk ''subcloning'', ligasi dapat dilakukan pada suhu 4 °C semalaman, atau pada suhu ruang selama 30 menit hingga beberapa jam.<ref>Bowen RA, Austgen L, Rouge M. 2002. DNA ligation. [terhubung berkala]. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/ligation.html [2 Apr 2010].</ref>

	=== T7 DNA Ligase ===		=== T7 DNA Ligase ===
	T7 DNA ligase merupakan DNA ligase dengan ukuran terkecil, yaitu sebesar 41 [[satuan massa atom\|kDa]]. DNA ligase ini berasal dari bakteriofage T7, mempunyai struktur yang terdiri dari dua [[domain]] dengan sisi aktif ATP yang terbentuk oleh ujung-N domain yang lebih besar.		T7 DNA ligase merupakan DNA ligase dengan ukuran terkecil, yaitu sebesar 41 [[satuan massa atom\|kDa]].<ref>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/teach/repl/ligase.html</ref> DNA ligase ini berasal dari bakteriofage T7, mempunyai struktur yang terdiri dari dua [[domain]] dengan sisi aktif ATP yang terbentuk oleh ujung-N domain yang lebih besar.<ref>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/teach/repl/ligase.html</ref>

	== Mekanisme DNA Ligase ==		== Mekanisme DNA Ligase ==
			Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD<sup>+</sup> atau ATP.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> Peristiwa ini menghasilkan kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan grup α-amino residu lysin pada sisi aktif dengan melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa NAD<sup>+</sup>.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref> Kemudian sebagian AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-fosfat yang berada pada [[nick]] utas DNA. Pada akhirnya, iktan fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan enzim adenylate.<ref>Gul S et al. 2004. Staphylococcus aureus DNA ligase: characterization of its kinetics of catalysis and development of a high-throughput screening compatible chemiluminescent hybridization protection assay. Biochem J 383(3): 551-9.</ref>
	Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD<sup>+</sup> atau ATP. Peristiwa ini menghasilkan kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan grup α-amino residu lysin pada sisi aktif dengan melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa NAD<sup>+</sup>. Kemudian sebagian AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-fosfat yang berada pada [[nick]] utas DNA. Pada akhirnya, iktan fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan enzim adenylate.

	= Referensi =		= Referensi =

			== Referensi ==
			<references />

	== Sumber dan atribusi ==		== Sumber dan atribusi ==

	Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA+ligase&oldid=29610991 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 29610991 (2026-08-21T13:47:21Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.		Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA+ligase&oldid=29610991 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 29610991 (2026-08-21T13:47:21Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.

			<!-- WIKI_UNISSULA_PRESENTATION_V4 -->

Maintenance script: Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 29610991; atribusi sumber disertakan.

2026-08-28T08:25:04Z

Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 29610991; atribusi sumber disertakan.

Halaman baru

'''DNA ligase''' merupakan [[enzim]] yang mengkatalisis pembentukan [[ikatan fosfodiester]] antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada [[DNA]] yang mengalami ''nick''. ''Nick'' pada DNA dapat terjadi pada saat [[replikasi]] [[DNA]], rekombinasi dan kerusakan. Secara biologis, DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan [[fragmen Okazaki]] saat proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam proses reparasi DNA. Oleh karena pentingnya peranan DNA ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat antibakterial yang menginhibisi DNA ligase. Dengan diinhibisinya DNA ligase, diharapkan [[kromosom]] menjadi terdegradasi dan [[sel]] akan mati.
DNA ligase merupakan enzim yang sangat berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel. Untuk penggunaan di luar sel, penggabungan dengan [[enzim restriksi]] telah membuat terobosan baru di bidang teknologi DNA rekombinan. Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik. Kemudian DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.

== Jenis-Jenis DNA Ligase ==
DNA ligase dapat digolongkan menjadi 2 jenis berdasarkan kofaktor yang diperlukan, yaitu [[NAD]]+ atau [[ATP]]. DNA ligase NAD+-''dependent'' ditemukan hanya di bakteri. Sementara itu, DNA ligase ATP-''dependent'' ditemukan di [[bakteriofage]], ''[[eubacteria]]'', ''[[archaea]]'', dan [[virus]]. Walaupun kedua jenis enzim ini memerlukan kofaktor yang berbeda, keduanya memiliki mekanisme katalitik yang sama. DNA ligase ATP-''dependent'' yang umum adalah T4 DNA ligase dan T7 DNA ligase.

=== T4 DNA Ligase ===
T4 DNA ligase berasal dari T4 bakteriofage. Enzim ini akan meligasi fragmen DNA yang menggantung, memiliki [[ujung kohesif]] maupun [[ujung tumpul]]. Untuk meligasi fragmen DNA yang memiliki ujung tumpul, diperlukan konsentrasi enzim yang lebih besar. Proses ligasi DNA T4 memerlukan [[larutan penyangga]] yang mengandung ATP dengan konsentrasi 0.25-1 mM. Proses ini dapat berlangsung pada kisaran suhu yang luas, tetapi untuk beberapa kasus, proses ligasi dilakukan pada suhu tertentu. Seperti pada saat menginginkan efisiensi yang tinggi dalam ligasi (contohnya membuat [[pustaka genom]]) suhu yang disarankan adalah 16 °C. Sementara itu, jika ligasi bertujuan untuk ''subcloning'', ligasi dapat dilakukan pada suhu 4 °C semalaman, atau pada suhu ruang selama 30 menit hingga beberapa jam.

=== T7 DNA Ligase ===
T7 DNA ligase merupakan DNA ligase dengan ukuran terkecil, yaitu sebesar 41 [[satuan massa atom|kDa]]. DNA ligase ini berasal dari bakteriofage T7, mempunyai struktur yang terdiri dari dua [[domain]] dengan sisi aktif ATP yang terbentuk oleh ujung-N domain yang lebih besar.

== Mekanisme DNA Ligase ==

Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD+ atau ATP. Peristiwa ini menghasilkan kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan grup α-amino residu lysin pada sisi aktif dengan melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa NAD+. Kemudian sebagian AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-fosfat yang berada pada [[nick]] utas DNA. Pada akhirnya, iktan fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan enzim adenylate.

= Referensi =

== Sumber dan atribusi ==

Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA+ligase&oldid=29610991 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 29610991 (2026-08-21T13:47:21Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.

DNA ligase - Riwayat revisi

Maintenance script: Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

Maintenance script: Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 29610991; atribusi sumber disertakan.