Maintenance script: Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

2026-08-23T22:55:16Z

Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

← Revisi sebelumnya		Revisi per 23 Agustus 2026 22.55
Baris 1:		Baris 1:
	~~'''FASTA''' adalah paket perangkat lunak penyelarasan urutan~~ DNA dan ~~protein yang pertama kali dijelaskan oleh David J~~. ~~Lipman dan William R. Pearson pada tahun 1985, sehingga peneliti dapat menentukan apakah penyelerasan tersebut terjadi secara kebetulan~~ atau ~~dapat digunakan untuk menyimpulkan [[Homologi (biologi~~)~~\|homologi]]~~. ~~Warisannya adalah format FASTA~~ yang ~~sekarang ada di mana-mana dalam bioinformatika~~, ~~di mana program pangkalan data similaritas ini menggunakan strategi "memotong"~~ (~~''hashing''~~) ~~untuk mencari rangkaian pendek yang disebut ''k-tuples'' atau ''ktups'' yang mirip dengan kata pada [[BLAST~~]], Istilah ''ktup'' sendiri merupakan rangkaian residu yang berasal dari sekuen kueri yang dipecah menjadi pola sekuens atau kata-kata agar bisa digunakan sekuens target untuk menentukan kesamaan di antara keduanya. Rangkaian ini biasanya terdiri dari dua residu untuk sekuens protein dan enam residu untuk sekuens DNA. sekuens target dicari berdasarkan ''k-tuple'' ini untuk menemukan kesamaan di antara keduanya.		[[File:C674115.jpg\|thumb\|right\|280px\|Linimasa pemetaan (sejak 2001). Pemetaan DNA ditandai dengan warna biru, pemetaan RNA dengan warna merah, pemetaan miRNA dengan warna hijau, dan pemetaan bisulfit dengan warna ungu. Garis putus-putus abu-abu menghubungkan pemetaan terkait (perpanjangan atau versi baru). Linimasa hanya mencakup pemetaan dengan publikasi yang telah melalui tinjauan sejawat, dan tanggalnya sesuai dengan tanggal publikasi paling awal (misalnya, tanggal publikasi awal, bukan tanggal publikasi)]]

	~~Saat ini~~, ~~paket~~ FASTA ~~tersedia dari~~ [[~~Universitas Virginia~~]] dan [~~[Institut Bioinformatika Eropa]~~].		'''FASTA''' adalah paket perangkat lunak penyelarasan urutan DNA dan protein yang pertama kali dijelaskan oleh David J. Lipman dan William R. Pearson pada tahun 1985, sehingga peneliti dapat menentukan apakah penyelerasan tersebut terjadi secara kebetulan atau dapat digunakan untuk menyimpulkan [[Homologi (biologi)\|homologi]].<ref>DJ Lipman. ''Rapid and sensitive protein similarity searches''. ''Science''. 1985. Vol. 227 (4693). hlm. 1435–41. doi:10.1126/science.2983426.</ref> Warisannya adalah format FASTA yang sekarang ada di mana-mana dalam bioinformatika, di mana program pangkalan data similaritas ini menggunakan strategi "memotong" (''hashing'') untuk mencari rangkaian pendek yang disebut ''k-tuples'' atau ''ktups'' yang mirip dengan kata pada [[BLAST]],<ref>Victor Aprilyanto. ''Bioinformatika''. Innosain. 2017. ISBN 9786026542328.</ref> Istilah ''ktup'' sendiri merupakan rangkaian residu yang berasal dari sekuen kueri yang dipecah menjadi pola sekuens atau kata-kata agar bisa digunakan sekuens target untuk menentukan kesamaan di antara keduanya. Rangkaian ini biasanya terdiri dari dua residu untuk sekuens protein dan enam residu untuk sekuens DNA. sekuens target dicari berdasarkan ''k-tuple'' ini untuk menemukan kesamaan di antara keduanya.<ref>Sagar Aryal. [https://microbenotes.com/fasta-and-blast/ What are FASTA and BLAST? An Introduction]. ''microbenotes.com''. 2023-08-03.</ref>

			Saat ini, paket FASTA tersedia dari [[Universitas Virginia]]<ref>[http://fasta.bioch.virginia.edu FASTA Programs].</ref> dan [[Institut Bioinformatika Eropa]].<ref>[https://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta FASTA/SSEARCH/GGSEARCH/GLSEARCH < Sequence Similarity Searching < EMBL-EBI].</ref>

	== Sejarah ==		== Sejarah ==
	Awalnya, program ini dirancang untuk pencarian kesamaan urutan protein. Karena informasi genetik yang berkembang secara eksponensial dan keterbatasan kecepatan serta memori komputer, pada tahun 1980-an, metode heuristik diperkenalkan untuk menyelaraskan urutan kueri dengan seluruh basis data. Program yang dibuat padsa tahun 1987 ini mampu melakukan pencarian DNA dengan DNA, menerjemahkan pencarian protein dengan DNA, dan juga menyediakan program pengacakan yang lebih canggih untuk mengevaluasi signifikansi statistik. TSaat ini, peningkatan kinerja komputer memungkinkan pencarian untuk deteksi penyelarasan lokal dalam basis data menggunakan algoritma Smith–Waterman.		Awalnya, program ini dirancang untuk pencarian kesamaan urutan protein. Karena informasi genetik yang berkembang secara eksponensial dan keterbatasan kecepatan serta memori komputer, pada tahun 1980-an, metode heuristik diperkenalkan untuk menyelaraskan urutan kueri dengan seluruh basis data. Program yang dibuat padsa tahun 1987 ini mampu melakukan pencarian DNA dengan DNA, menerjemahkan pencarian protein dengan DNA, dan juga menyediakan program pengacakan yang lebih canggih untuk mengevaluasi signifikansi statistik.<ref>WR Pearson. ''Improved tools for biological sequence comparison''. ''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America''. 1988. Vol. 85 (8). hlm. 2444–8. doi:10.1073/pnas.85.8.2444.</ref> TSaat ini, peningkatan kinerja komputer memungkinkan pencarian untuk deteksi penyelarasan lokal dalam basis data menggunakan algoritma Smith–Waterman.

	FASTA diucapkan "fast A", dan merupakan singkatan dari "FAST-All", karena dapat digunakan dengan alfabet apa pun, sebuah pengembangan dari alat penyelarasan "FAST-P" (protein) dan "FAST-N" (nukleotida) asli.		FASTA diucapkan "fast A", dan merupakan singkatan dari "FAST-All", karena dapat digunakan dengan alfabet apa pun, sebuah pengembangan dari alat penyelarasan "FAST-P" (protein) dan "FAST-N" (nukleotida) asli.
Baris 11:		Baris 12:
	Saat ini, format berkas FASTA banyak digunakan oleh alat pencarian basis data sekuens lainnya (seperti BLAST) dan program penyelarasan sekuens ([[Clustal]], [[T-Coffee]], dll.).		Saat ini, format berkas FASTA banyak digunakan oleh alat pencarian basis data sekuens lainnya (seperti BLAST) dan program penyelarasan sekuens ([[Clustal]], [[T-Coffee]], dll.).

	== Proses ==		== Proses<ref>Victor Aprilyanto. ''Bioinformatika''. Innosain. 2017. ISBN 9786026542328.</ref> ==

	=== Identifikas dan pemetaan ''ktups'' ===		=== Identifikas dan pemetaan ''ktups'' ===
	Dalam tahap ini, ktups diidentifikasi dengan metode ''hashing'', yaitu kontruksi tabel hash posisi residu ''ktups'' dari kueri dan urutan pangkalan data kandidat, di mana metode ini dilakukan terhadap seluruh posisi pada pasangan urutan hingga seluruh ktups dipetakan. Dari tabel ''hash'' tersebut, perbedaan posisi setiap residu antar pasangan urutan dapat dipetakan dengn menghitung selisih posisi antara urutan kueri dengan urutan pangkalan data, di mana ''ktups'' yang memiliki selisih yang sama digabung untuk memperlihatkan daerah dengan residu identik antar pasangan urutan. Umumnya, ada banyak variasi panjang ''ktups'' yang terpetakan sebagai garis diagonal dalam matriks perbandingan pasangan urutan.		Dalam tahap ini, ktups diidentifikasi dengan metode ''hashing'', yaitu kontruksi tabel hash posisi residu ''ktups'' dari kueri dan urutan pangkalan data kandidat, di mana metode ini dilakukan terhadap seluruh posisi pada pasangan urutan hingga seluruh ktups dipetakan. Dari tabel ''hash'' tersebut, perbedaan posisi setiap residu antar pasangan urutan dapat dipetakan dengn menghitung selisih posisi antara urutan kueri dengan urutan pangkalan data, di mana ''ktups'' yang memiliki selisih yang sama digabung untuk memperlihatkan daerah dengan residu identik antar pasangan urutan. Umumnya, ada banyak variasi panjang ''ktups'' yang terpetakan sebagai garis diagonal dalam matriks perbandingan pasangan urutan.
Baris 23:		Baris 23:

	== Referensi ==		== Referensi ==
			<references />

			== Sumber dan atribusi ==

			Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=FASTA&oldid=28508785 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 28508785 (2025-11-16T07:38:23Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Gambar pada artikel ini bersumber dari Wikimedia Commons dan mengikuti ketentuan lisensi masing-masing berkas. Mohon gunakan konten dan media secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.

	~~== Sumber dan atribusi ==~~		<!-- WIKI_UNISSULA_PRESENTATION_V4 -->

	~~Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=FASTA&oldid=28508785 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 28508785 (2025~~-11-~~16T07:38:23Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi~~-~~BerbagiSerupa (CC BY~~-~~SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.~~

Maintenance script: Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 28508785; atribusi sumber disertakan.

2026-08-23T22:16:22Z

Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 28508785; atribusi sumber disertakan.

Halaman baru

'''FASTA''' adalah paket perangkat lunak penyelarasan urutan DNA dan protein yang pertama kali dijelaskan oleh David J. Lipman dan William R. Pearson pada tahun 1985, sehingga peneliti dapat menentukan apakah penyelerasan tersebut terjadi secara kebetulan atau dapat digunakan untuk menyimpulkan [[Homologi (biologi)|homologi]]. Warisannya adalah format FASTA yang sekarang ada di mana-mana dalam bioinformatika, di mana program pangkalan data similaritas ini menggunakan strategi "memotong" (''hashing'') untuk mencari rangkaian pendek yang disebut ''k-tuples'' atau ''ktups'' yang mirip dengan kata pada [[BLAST]], Istilah ''ktup'' sendiri merupakan rangkaian residu yang berasal dari sekuen kueri yang dipecah menjadi pola sekuens atau kata-kata agar bisa digunakan sekuens target untuk menentukan kesamaan di antara keduanya. Rangkaian ini biasanya terdiri dari dua residu untuk sekuens protein dan enam residu untuk sekuens DNA. sekuens target dicari berdasarkan ''k-tuple'' ini untuk menemukan kesamaan di antara keduanya.

Saat ini, paket FASTA tersedia dari [[Universitas Virginia]] dan [[Institut Bioinformatika Eropa]].

== Sejarah ==
Awalnya, program ini dirancang untuk pencarian kesamaan urutan protein. Karena informasi genetik yang berkembang secara eksponensial dan keterbatasan kecepatan serta memori komputer, pada tahun 1980-an, metode heuristik diperkenalkan untuk menyelaraskan urutan kueri dengan seluruh basis data. Program yang dibuat padsa tahun 1987 ini mampu melakukan pencarian DNA dengan DNA, menerjemahkan pencarian protein dengan DNA, dan juga menyediakan program pengacakan yang lebih canggih untuk mengevaluasi signifikansi statistik. TSaat ini, peningkatan kinerja komputer memungkinkan pencarian untuk deteksi penyelarasan lokal dalam basis data menggunakan algoritma Smith–Waterman.

FASTA diucapkan "fast A", dan merupakan singkatan dari "FAST-All", karena dapat digunakan dengan alfabet apa pun, sebuah pengembangan dari alat penyelarasan "FAST-P" (protein) dan "FAST-N" (nukleotida) asli.

Saat ini, format berkas FASTA banyak digunakan oleh alat pencarian basis data sekuens lainnya (seperti BLAST) dan program penyelarasan sekuens ([[Clustal]], [[T-Coffee]], dll.).

== Proses ==

=== Identifikas dan pemetaan ''ktups'' ===
Dalam tahap ini, ktups diidentifikasi dengan metode ''hashing'', yaitu kontruksi tabel hash posisi residu ''ktups'' dari kueri dan urutan pangkalan data kandidat, di mana metode ini dilakukan terhadap seluruh posisi pada pasangan urutan hingga seluruh ktups dipetakan. Dari tabel ''hash'' tersebut, perbedaan posisi setiap residu antar pasangan urutan dapat dipetakan dengn menghitung selisih posisi antara urutan kueri dengan urutan pangkalan data, di mana ''ktups'' yang memiliki selisih yang sama digabung untuk memperlihatkan daerah dengan residu identik antar pasangan urutan. Umumnya, ada banyak variasi panjang ''ktups'' yang terpetakan sebagai garis diagonal dalam matriks perbandingan pasangan urutan.

=== Penyaringan atau seleksi ''ktups'' ===
Pada tahap ini, seluruh ''ktups'' akan dihitung skornya menggunakan matriks substitusi tertentu dan hanya ''ktups'' dengan nilai di atas ambang minimal saja yang dipertahankan dalam matriks.

=== Penggabungan ktups ===
Pada tahap ini, ''ktups'' yang terletak pada satu diagonal akan digabungkan dan dioptimasi dengan metode pemrograman dinamis untuk memberikan jajaran pasangan urutan beserta skor similaritasnya dengan urutan kueri.

== Referensi ==

== Sumber dan atribusi ==

Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=FASTA&oldid=28508785 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 28508785 (2025-11-16T07:38:23Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.

FASTA - Riwayat revisi

Maintenance script: Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi

Maintenance script: Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 28508785; atribusi sumber disertakan.