Operon ara: Perbedaan antara revisi
Impor teks terkontrol dari Wikipedia bahasa Indonesia; revisi 26746545; atribusi sumber disertakan. |
Presentation V4: sitasi, referensi, Math, Wikimedia Commons, dan atribusi |
||
| Baris 2: | Baris 2: | ||
== Komponen-komponen dalam operon Ara == | == Komponen-komponen dalam operon Ara == | ||
Protein yang berfungsi secara langsung dalam regulasi positif | Protein yang berfungsi secara langsung dalam regulasi positif <ref>Gellissen G.2005.''Production of Recombinant Protein:Novel Microbial and Eukaryotic Expression Systems''.WILEY-VCH GmbH & co:Weinheim.</ref> dan negatif arabinosa dalam [[operon]] ara adalah AraA, AraB, araC, dan AraD.<ref>Caspari EW.1976.''Advances in Genetics,Jilid 18''.Academic Press,Inc.:New York.</ref> | ||
=== AraA === | === AraA === | ||
AraA merupakan L-Arabinosa isomerase yaitu suatu [[:en:Isomerase|isomerase]] yang berguna dalam perubahan L-Arabinosa menjadi [[isomer]]nya yaitu L-Ribulosa. AraA dikodekan oleh [[gen]] ''araA''. | AraA merupakan L-Arabinosa isomerase yaitu suatu [[:en:Isomerase|isomerase]] yang berguna dalam perubahan L-Arabinosa menjadi [[isomer]]nya yaitu L-Ribulosa. AraA dikodekan oleh [[gen]] ''araA''.<ref>Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.'''The''' '''''Bacillus subtilis''''' '''L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression'''. ''Microbiol''.(143):957-969.</ref> | ||
=== AraB === | === AraB === | ||
AraB merupakan L-Ribulokinase yaitu suatu [[:en:Ribulokinase|ribulokinase]] yang berguna dalam penambahan gugus fosfat pada L-Ribulosa sehingga menjadi L-Ribulosa-5-fosfat. AraB dikodekan oleh gen ''araB''. | AraB merupakan L-Ribulokinase yaitu suatu [[:en:Ribulokinase|ribulokinase]] yang berguna dalam penambahan gugus fosfat pada L-Ribulosa sehingga menjadi L-Ribulosa-5-fosfat.<ref>Rakhi Agarwal. [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.23202 Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L ‐ribulokinase]. ''Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics''. 2012-01. Vol. 80 (1). hlm. 261–268. doi:10.1002/prot.23202.</ref> AraB dikodekan oleh gen ''araB''.<ref>Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.'''The''' '''''Bacillus subtilis''''' '''L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression'''. ''Microbiol''.(143):957-969.</ref> | ||
=== AraD === | === AraD === | ||
AraD merupakan L-Ribulosa-5-fosfat-4-epimerase yaitu suatu [[:en:Epimerase|epimerase]] yang berfungsi dalam perubahan L-Ribulosa-5-fosfat menjadi D-Xilulosa-5-fosfat yang selanjutnya dapat masuk kedalam dalam xylulose phosphate pathway yang merupakan salah satu jalur katabolisme untuk menghasilkan energi. AraD dikodekan oleh gen ''araD''. | AraD merupakan L-Ribulosa-5-fosfat-4-epimerase yaitu suatu [[:en:Epimerase|epimerase]] yang berfungsi dalam perubahan L-Ribulosa-5-fosfat menjadi D-Xilulosa-5-fosfat yang selanjutnya dapat masuk kedalam dalam xylulose phosphate pathway yang merupakan salah satu jalur katabolisme untuk menghasilkan energi.<ref>Rakhi Agarwal. [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.23202 Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L ‐ribulokinase]. ''Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics''. 2012-01. Vol. 80 (1). hlm. 261–268. doi:10.1002/prot.23202.</ref> AraD dikodekan oleh gen ''araD''.<ref>Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.'''The''' '''''Bacillus subtilis''''' '''L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression'''. ''Microbiol''.(143):957-969.</ref> | ||
=== AraC === | === AraC === | ||
AraC merupakan suatu protein regulator yang berfungsi untuk meregulasi transkripsi araA, araB, dan araD yang diinduksi dengan keberadaan arabinosa. AraC dikodekan oleh gen ''araC''. | AraC merupakan suatu protein regulator yang berfungsi untuk meregulasi transkripsi araA, araB, dan araD yang diinduksi dengan keberadaan arabinosa.<ref>D. Zheng. [https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkh908 Identification of the CRP regulon using in vitro and in vivo transcriptional profiling]. ''Nucleic Acids Research''. 2004-10-28. Vol. 32 (19). hlm. 5874–5893. doi:10.1093/nar/gkh908.</ref> AraC dikodekan oleh gen ''araC''.<ref>Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.'''The''' '''''Bacillus subtilis''''' '''L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression'''. ''Microbiol''.(143):957-969.</ref> | ||
=== operator === | === operator === | ||
| Baris 20: | Baris 20: | ||
== Macam konformasi protein regulator == | == Macam konformasi protein regulator == | ||
AraC memiliki tiga bentuk [[konformasi]] yaitu satu sebagai [[monomer]] dan dua bentuk sebagai [[dimer]]. AraC tersusun atas ''C-terminal DNA binding domain'' yang terikat dengan ''N-terminal dimerization domain''. Pada ''N-terminal dimerization domain'' terdapat ''N-terminal arm'' yang dapat terikat pada ''C-terminal DNA binding domain'' pada [[molekul]] yang sama atau ''N-terminal dimerization'' domain pada partner molekul bergantung dengan keberadaan arabinosa.<ref>Moat AG, ''et al''.2002.''Microbial Physiology''.Wiley-Liss,Inc:New York.</ref> | |||
AraC memiliki tiga bentuk [[konformasi]] yaitu satu sebagai [[monomer]] dan dua bentuk sebagai [[dimer]]. AraC tersusun atas ''C-terminal DNA binding domain'' yang terikat dengan ''N-terminal dimerization domain''. Pada ''N-terminal dimerization domain'' terdapat ''N-terminal arm'' yang dapat terikat pada ''C-terminal DNA binding domain'' pada [[molekul]] yang sama atau ''N-terminal dimerization'' domain pada partner molekul bergantung dengan keberadaan arabinosa. | |||
=== Tanpa Arabinosa === | === Tanpa Arabinosa === | ||
| Baris 30: | Baris 29: | ||
== Proses regulasi == | == Proses regulasi == | ||
=== Dengan Arabinosa === | === Dengan Arabinosa === | ||
Jika terdapat arabinosa yang berikatan pada Arabinosa binding site maka AraC dimer akan lebih fleksibel sehingga dapat berikatan dengan I1 dan I2. I1 dan I2 memiliki lokasi yang berdekatan dengan RNA polimerase binding site sehingga keberadaan AraC pada I1 dan I2 ikut menginduksi keberadaan RNA polimerase sehingga terjadi [[transkripsi]] araBAD melalui [[promotor]] PBAD dan araC melalui promotor PC. | Jika terdapat arabinosa yang berikatan pada Arabinosa binding site maka AraC dimer akan lebih fleksibel sehingga dapat berikatan dengan I1 dan I2. I1 dan I2 memiliki lokasi yang berdekatan dengan RNA polimerase binding site sehingga keberadaan AraC pada I1 dan I2 ikut menginduksi keberadaan RNA polimerase sehingga terjadi [[transkripsi]] araBAD melalui [[promotor]] PBAD dan araC melalui promotor PC.<ref>Moat AG, ''et al''.2002.''Microbial Physiology''.Wiley-Liss,Inc:New York.</ref> | ||
=== Tanpa Arabinosa === | === Tanpa Arabinosa === | ||
Jika tidak terdapat arabinosa maka AraC dimer yang berbentuk kaku hanya dapat berikatan pada O2, dan I1 membentuk [[hairpin loop]] yang menghambat trankripsi araBAD karena RNA polimerase tidak dapat menempel pada promotor. | Jika tidak terdapat arabinosa maka AraC dimer yang berbentuk kaku hanya dapat berikatan pada O2, dan I1 membentuk [[hairpin loop]] yang menghambat trankripsi araBAD karena RNA polimerase tidak dapat menempel pada promotor.<ref>Moat AG, ''et al''.2002.''Microbial Physiology''.Wiley-Liss,Inc:New York.</ref> | ||
== cAMP-CRP == | == cAMP-CRP == | ||
Transkripsi yang melalui promotor PBAD juga dipengaruhi dengan interaksi cAMP-CRP melalui interaksi antar protein dengan [[RNA polimerase]]. Bagian α-CTD subunit α pada RNA polimerase mengalami kontak dengan bagian aktivasi ketiga pada CRP yaitu activation region 3 (AR3). Interaksi antara AraC yang telah berikatan dengan arabinosa dengan cAMP-CRP yang juga telah berikatan dengan tempat pengenalannya menyebabkan peningkatan transkripsi pada promotor PBAD. | Transkripsi yang melalui promotor PBAD juga dipengaruhi dengan interaksi cAMP-CRP melalui interaksi antar protein dengan [[RNA polimerase]]. Bagian α-CTD subunit α pada RNA polimerase mengalami kontak dengan bagian aktivasi ketiga pada CRP yaitu activation region 3 (AR3).<ref>D. Zheng. [https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkh908 Identification of the CRP regulon using in vitro and in vivo transcriptional profiling]. ''Nucleic Acids Research''. 2004-10-28. Vol. 32 (19). hlm. 5874–5893. doi:10.1093/nar/gkh908.</ref> Interaksi antara AraC yang telah berikatan dengan arabinosa dengan cAMP-CRP yang juga telah berikatan dengan tempat pengenalannya menyebabkan peningkatan transkripsi pada promotor PBAD.<ref>Wilcox G, et al.1974.'''Regulation of the L-Arabinose Operon BAD in vitro'''.''J Biol Chem''.(249):2946-2952</ref> | ||
== Referensi == | == Referensi == | ||
<references /> | |||
== Sumber dan atribusi == | == Sumber dan atribusi == | ||
Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Operon+ara&oldid=26746545 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 26746545 (2025-01-05T07:39:05Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku. | Konten artikel ini diadaptasi dari [https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Operon+ara&oldid=26746545 Wikipedia bahasa Indonesia], revisi 26746545 (2025-01-05T07:39:05Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku. | ||
<!-- WIKI_UNISSULA_PRESENTATION_V4 --> | |||
Revisi terkini sejak 29 Agustus 2026 18.10
Operon Ara adalah sekelompok protein yang berfungsi dalam meregulasi katabolisme arabinosa.
Komponen-komponen dalam operon Ara
Protein yang berfungsi secara langsung dalam regulasi positif [1] dan negatif arabinosa dalam operon ara adalah AraA, AraB, araC, dan AraD.[2]
AraA
AraA merupakan L-Arabinosa isomerase yaitu suatu isomerase yang berguna dalam perubahan L-Arabinosa menjadi isomernya yaitu L-Ribulosa. AraA dikodekan oleh gen araA.[3]
AraB
AraB merupakan L-Ribulokinase yaitu suatu ribulokinase yang berguna dalam penambahan gugus fosfat pada L-Ribulosa sehingga menjadi L-Ribulosa-5-fosfat.[4] AraB dikodekan oleh gen araB.[5]
AraD
AraD merupakan L-Ribulosa-5-fosfat-4-epimerase yaitu suatu epimerase yang berfungsi dalam perubahan L-Ribulosa-5-fosfat menjadi D-Xilulosa-5-fosfat yang selanjutnya dapat masuk kedalam dalam xylulose phosphate pathway yang merupakan salah satu jalur katabolisme untuk menghasilkan energi.[6] AraD dikodekan oleh gen araD.[7]
AraC
AraC merupakan suatu protein regulator yang berfungsi untuk meregulasi transkripsi araA, araB, dan araD yang diinduksi dengan keberadaan arabinosa.[8] AraC dikodekan oleh gen araC.[9]
operator
Operator yang terdapat dalam operon ini ada4 yaitu O1,O2,I1,dan I2 (I berarti induction). Operator ini merupakan tempat di mana AraC dapat terikat.
Macam konformasi protein regulator
AraC memiliki tiga bentuk konformasi yaitu satu sebagai monomer dan dua bentuk sebagai dimer. AraC tersusun atas C-terminal DNA binding domain yang terikat dengan N-terminal dimerization domain. Pada N-terminal dimerization domain terdapat N-terminal arm yang dapat terikat pada C-terminal DNA binding domain pada molekul yang sama atau N-terminal dimerization domain pada partner molekul bergantung dengan keberadaan arabinosa.[10]
Tanpa Arabinosa
Bila tidak ada arabinosa yang menempel pada Arabinosa binding site maka N-terminal arm akan menempel pada C-terminal DNA binding protein' membentuk kompleks yang kaku. Dimer dari bentuk tersebut membentuk kompleks yang lebih panjang.
Dengan Arabinosa
Bila terdapat arabinosa yang menempel pada Arabinosa binding site maka N-terminal arm akan menempel pada N-terminal dimerization pada partner molekul pada AraC dimer. Akibatnya, akan terbentuk molekul yang lebih padat.
Proses regulasi
Dengan Arabinosa
Jika terdapat arabinosa yang berikatan pada Arabinosa binding site maka AraC dimer akan lebih fleksibel sehingga dapat berikatan dengan I1 dan I2. I1 dan I2 memiliki lokasi yang berdekatan dengan RNA polimerase binding site sehingga keberadaan AraC pada I1 dan I2 ikut menginduksi keberadaan RNA polimerase sehingga terjadi transkripsi araBAD melalui promotor PBAD dan araC melalui promotor PC.[11]
Tanpa Arabinosa
Jika tidak terdapat arabinosa maka AraC dimer yang berbentuk kaku hanya dapat berikatan pada O2, dan I1 membentuk hairpin loop yang menghambat trankripsi araBAD karena RNA polimerase tidak dapat menempel pada promotor.[12]
cAMP-CRP
Transkripsi yang melalui promotor PBAD juga dipengaruhi dengan interaksi cAMP-CRP melalui interaksi antar protein dengan RNA polimerase. Bagian α-CTD subunit α pada RNA polimerase mengalami kontak dengan bagian aktivasi ketiga pada CRP yaitu activation region 3 (AR3).[13] Interaksi antara AraC yang telah berikatan dengan arabinosa dengan cAMP-CRP yang juga telah berikatan dengan tempat pengenalannya menyebabkan peningkatan transkripsi pada promotor PBAD.[14]
Referensi
- ↑ Gellissen G.2005.Production of Recombinant Protein:Novel Microbial and Eukaryotic Expression Systems.WILEY-VCH GmbH & co:Weinheim.
- ↑ Caspari EW.1976.Advances in Genetics,Jilid 18.Academic Press,Inc.:New York.
- ↑ Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.The Bacillus subtilis L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression. Microbiol.(143):957-969.
- ↑ Rakhi Agarwal. Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L ‐ribulokinase. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2012-01. Vol. 80 (1). hlm. 261–268. doi:10.1002/prot.23202.
- ↑ Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.The Bacillus subtilis L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression. Microbiol.(143):957-969.
- ↑ Rakhi Agarwal. Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L ‐ribulokinase. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2012-01. Vol. 80 (1). hlm. 261–268. doi:10.1002/prot.23202.
- ↑ Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.The Bacillus subtilis L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression. Microbiol.(143):957-969.
- ↑ D. Zheng. Identification of the CRP regulon using in vitro and in vivo transcriptional profiling. Nucleic Acids Research. 2004-10-28. Vol. 32 (19). hlm. 5874–5893. doi:10.1093/nar/gkh908.
- ↑ Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.The Bacillus subtilis L-arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and expression. Microbiol.(143):957-969.
- ↑ Moat AG, et al.2002.Microbial Physiology.Wiley-Liss,Inc:New York.
- ↑ Moat AG, et al.2002.Microbial Physiology.Wiley-Liss,Inc:New York.
- ↑ Moat AG, et al.2002.Microbial Physiology.Wiley-Liss,Inc:New York.
- ↑ D. Zheng. Identification of the CRP regulon using in vitro and in vivo transcriptional profiling. Nucleic Acids Research. 2004-10-28. Vol. 32 (19). hlm. 5874–5893. doi:10.1093/nar/gkh908.
- ↑ Wilcox G, et al.1974.Regulation of the L-Arabinose Operon BAD in vitro.J Biol Chem.(249):2946-2952
Sumber dan atribusi
Konten artikel ini diadaptasi dari Wikipedia bahasa Indonesia, revisi 26746545 (2025-01-05T07:39:05Z), yang tersedia berdasarkan lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa (CC BY-SA). Mohon gunakan konten ini secara bijak serta sesuai dengan ketentuan lisensi yang berlaku.